Durante la primera etapa el logo del Centro de Estudios Históricos de Granada y su Reino fue el escudo de la ciudad de Granada:
Durante la segunda época se decidió cambiar el logo. En Asamblea General Ordinaria de 5 de diciembre de 1985 se señala que “en relación con el escudo del Centro, se otorga un voto de confianza a la Junta Directiva, con todos los asesoramientos oportunos”. Posteriormente, en Junat Directiva celebrada el 18 de noviembre de 1986 se acuerda que las publicaciones del Centro de Estudios Históricos de Granada y su Reino deben llevar “colofón y un logotipo que se eligirá en otra reunión”. Por fin, el 27 de abril de 1987 de 1987, la Junta Directiva acuerda adoptar como emblema del Centro el escudo con las ocho granadas que hay en el impreso de 1493 “De insulis inventis. Epistola Cristoferi Colom…”:
Curiosamente ese escudo había sido propuesto en 1964 como escudo de la Diputación Provincial de Granada aunque no se aceptó (Cfr. Eduardo Molina Fajardo. Informe sobre el escudo de la Excelentísima Diputación Provincial . Granada, 1969 y David Torres Ibáñez. La heráldica de la Diputación Provincial de Granada. Estudio, antecedentes y propuestas. Granada, 2004).
En el año 2010 la Junta Directiva decide crear un nuevo logo con el fin de modernizarlo. Se le encarga al artista Francisco José Sánchez Montalbán quien generosamente realiza varias propuestas como:
Siendo escogida la actual, que se inspira en la imagen de una granada, que fue presentada y aprobada en Asamblea ordinaria el 13 de Junio de 2011: